Phân loại cổ điển tách bộ Bò sát có vảy thành 3 phân bộ (bộ phụ) sau:

• Phân bộ Thằn lằn (Lacertilia), gồm các loài thằn lằn;
• Phân bộ Rắn (Serpentes), bao gồm các loài rắn;
• Phân bộ Amphisbaenia (thằn lằn giun).

Trong số này, các loài thằn lằn hợp thành nhóm cận ngành. Trong các hệ thống phân loại mới hơn thì tên gọi Sauropsida được dùng cho các loài bò sát và chim nói chung, và Squamata được chia ra như sau:

• Phân bộ Kỳ nhông (Iguania), bao gồm các loài kỳ nhông và tắc kè hoa.
• Phân bộ Scleroglossa
  • Cận bộ Tắc kè (Gekkota), các loài tắc kè, thằn lằn mù, thằn lằn không chân.
  • Cận bộ Thằn lằn rắn (Anguimorpha), các loài kỳ đà, thằn lằn rắn.
  • Cận bộ Scincomorpha, các loài thằn lằn bóng, thằn lằn châu Âu thông thường.
• Phân bộ Rắn (Serpentes), các loài rắn.
  • Cận bộ Alethinophidia, các loài rắn lục, trăn, rắn hổ mang, v.v.
  • Cận bộ Scolecophidia, các loài rắn mù.
• Phân bộ Amphisbaenia

Quan hệ giữa các cận bộ này vẫn còn chưa rõ ràng, mặc dù những nghiên cứu gần đây[3] cho là một số họ động vật của bộ này có thể tạo thành một tập hợp các loài bò sát có nọc độc trên lý thuyết, ngành này bao gồm đa số (tới 60%) các loài bò sát có vảy. Được đặt tên là Toxicofera (bò sát có nọc độc), nó bao gồm các nhóm sau trong phân loại truyền thống[3]:

• Phân bộ Serpentes (rắn)
• Phân bộ Iguania (tắc kè hoa, kỳ nhông, v.v.)
  • Cận bộ Anguimorpha, bao gồm:
    • Họ Varanidae (kỳ đà, rồng Komodo)
    • Họ Anguidae (thằn lằn rắn, thằn lằn thủy tinh, v.v.)
    • Họ Helodermatidae (quái vật Gila và thằn lắn đốm Mexico)